隐藏任务通常不会直接显示在任务列表中，只有满足特定条件后才会触发。完成这些任务后，可以获得稀有的隐藏动物，从而丰富动物园的阵容。
草原地图隐藏任务
在草原地图上，特洛伊斑马的解锁方式是连续换乘七种不同的草原动物，包括斑马、野牛、鸵鸟、大象、秃鹫、长颈鹿和狮子，且中途不能重复换乘。而暗黑野牛则相对简单，只需骑着一只野牛稳定奔跑七八百米即可。
丛林地图隐藏任务
丛林地图同样有许多有趣的隐藏任务。恐龙犀牛需要玩家连续换乘七种不同的丛林动物。鸭嘴河马则有两种解锁方式：一种是骑着河马连续撞击十五个野兽，另一种是跑满一千六百米，建议跑到两千米后的水塘区域完成任务。三嘴鸟的操作难度较高，需在巨嘴鸟翅膀抬起的瞬间起跳，并完成一百米跳跃后成功换乘到另一只动物身上。
山脉地图隐藏任务
山脉地图中的隐藏任务充满挑战性。苏-24战斗熊需要骑着老鹰一口气跑满两千米。蒸汽朋克的任务是骑牦牛连续撞击十只动物。纯黑鹿需要换乘八种动物，其中七种来自山脉，还需搭配一种外来动物。罗宾汉鹰需要精准降落在最远的山峰上。
澳洲地图隐藏任务
炸弹袋熊的任务是用袋熊同时撞上四只动物。侦查蝠只需破坏任意一座风车即可触发。沼泽考拉怪藏在两千米后燃烧的火树上。
极地地图隐藏任务
仙女企鹅需要换乘八种动物。机械狐狸要求骑同一只狐狸跑满一千五百米。雪兔的任务是连续换乘六只北极兔。剑齿海象需要跑到两千米后，从一块超大的石头上跳下来才能触发。
侏罗纪公园与希腊奥林匹斯山隐藏任务
健身霸王龙需要收集五个恐龙蛋。潜水雷龙的任务是连续骑乘八种动物。圆锯剑龙则通过让剑龙吃八次草来解锁。在希腊奥林匹斯山，后知后觉鹿需要骑同一只牝鹿跑满一千二百米。
