内海深处由三个部分组成：浊暗之阱、无尽梦魇和破碎防线，每个部分都有独特的玩法。
浊暗之阱
在浊暗之阱中，挑战者需要面对多个深度，每个深度包含五个关卡。只有全部通关后才能完成当前深度的挑战。在相同深度的五个关卡中，禁闭者的血量是共享的，通关并不会自动恢复血量。每次选择一个深度进行挑战都会消耗次数，每天仅有一次免费挑战机会。若使用净化剂，则可以获得额外挑战次数。通过浊暗之阱所获得的样本可以兑换限定烙印，其中包括许多狂级烙印。需要注意的是，每个深度都有准入等级，只有达到规定等级的禁闭者才能参与战斗。
破碎防线
破碎防线每周重置一次，重置时会根据玩家上周的表现分数决定是否进入新区域。玩家需从低危区开始挑战，分数足够的情况下，下周可进入中危区。之后还有高危区和暗域，越靠后的区域敌人实力越强，奖励也越丰厚。前三个区域中的首领是固定的，每天有三次挑战机会以刷新更高分数。而在暗域中，首领每期都会变化，并且没有分数要求，奖励仅与挑战中造成的总伤害相关。在破碎防线中，除了能获取养成资源和异方晶外，还有可能得到技能高级材料的内海遗物箱。
无尽梦魇
无尽梦魇是一种结合肉鸽元素与爬塔玩法的游戏模式。每关都需要多次选择，每次选择为二选一，可能会遇到战斗、资源或特殊事件。通过不断选择前进至最后一格即可通关，但在此过程中需确保神智不被耗尽。增益效果或更换禁闭者需要消耗梦魇琥珀，这是一种仅能在无尽梦魇关卡中使用的货币。初始阶段，玩家只能选择三个禁闭者，且他们的等级会被限制在特定档位。
